養殖場或養殖大戶貯糞池中的糞渣要及時清運到有機肥料廠的畜禽糞便專門處理場進行堆制處理。對含水量較低的雞糞、羊糞、兔糞等糞渣，可以直接進行堆制。對于含水量較高的豬糞或牛糞，要先在濕糞中加入礱糠、木屑、秸稈粉、蘑菇泥、食用菌栽培廢渣或中藥渣等輔料，作為濕糞堆制發酵的調理劑。調理劑的添加量一般控制在10-20%。
當輔料的顆粒較粗，要先粉碎成一定細度的粉狀后再使用。然后取這些粉狀調理劑與濕糞充分混合，將濕糞的含水量調節到55-65%，這樣既調節了豬、牛糞的濕度，降低粘性，又提高了堆制物料的通氣性，同時，還能調節糞便的碳氮比，有利于生物發酵。但是對于鮮糞來說，初試發酵的調理輔料添加量最好控制在15%以內。
當濕豬糞與調理輔料充分混合后，就可以進行做堆了。在堆制過程中，還需要加入耐高溫高效的發酵菌劑，菌劑的用量一般在每立方堆料中放2-3公斤，加菌劑的時候，要把菌劑均勻地撒入糞堆中。堆放時，高度一般控制在0.6-1米。
